Shinobi Iri s'inspire de faits réels qui se sont déroulés au XVIe siècle, dans l'archipel nippon, précédant le soulèvement des habitants de la province d'Iga, berceau des shinobi experts en ninjutsu. Tomoe Hattori est une jeune et intrépide kunoichi (femme ninja) désirant faire ses preuves dans un monde d hommes. Difficile pour elle de trouver sa place !