Le professeur Muller a été annihilé et la révolte des robots sur Foresta maîtrisée. Cependant, Poséidon Nero a confié le commandement d'Oceans 6 à son fils Shura qui en profite pour se lancer dans un projet d'extermination globale des machines' L'Armée gouvernementale et les Pirates du cosmos sont sur les traces du Grand Démon Ziggy, source de tous les maux. Shiki et ses amis suivent quant à eux un entraînement spécial sous l'égide de Xenolith afin de vaincre Ziggy le moment venu. Une gigantesque quantité d'Ether occupe Cosmos Aoi annonçant une bataille galactique sans précédent !