L'équipage de l'Edens Zero, guidé par Laguna, est entré en contact avec Oasis, une armée de rebelles qui se terre sur Sandra, la planète du sable. Shiki parvient à convaincre Goodwin, leur chef, de coopérer pour empêcher la destruction de toutes les machines du plan mis au point par Poséidon Shura. Pendant ce temps, dans la zone spatiale de la planète Nero 66, Eraser d'Oracion Seis a engagé le combat contre Shura. Shiki et ses amis vont essayer d'en profiter pour s'infiltrer sur Nero 66.