Dans le collège Cross, étudiants humains et vampires cohabitent secrètement. Yuki doit s'assurer que cette cohabitation reste pacifique. Elle souhaite voir se réaliser un futur dans lequel hommes et vampires pourraient coexister en paix. Une conviction influencée par les sentiments qu'elle éprouve pour Kaname, le chef charismatique des vampires du collège.