Central City est, plus que jamais, le centre d'un obscur complot. Le colonel Mustang voit son unité démantelée tandis qu'Edward et Alphonse doivent faire face au géniteur des homonculus. Ce dernier parvient à rallier Lin à sa cause, le prince de Xing succombant aux pouvoirs de la pierre philosophale. Edward se rend alors chez Riza Hawkeye pour entendre les chroniques de la guerre d'Ishbal.